Badan POM berfungsi antara lain:
- Pengaturan, regulasi, dan standardisasi
- Lisensi dan sertifikasi industri di bidang farmasi berdasarkan Cara-cara Produksi yang Baik
- Evaluasi produk sebelum diizinkan beredar
- Post marketing vigilance termasuk sampling dan pengujian laboratorium, pemeriksaan sarana produksi dan distribusi, penyidikan dan penegakan hukum.
- Pre-audit dan pasca-audit iklan dan promosi produk
- Riset terhadap pelaksanaan kebijakan pengawasan obat dan makanan;
- Komunikasi, informasi dan edukasi publik termasuk peringatan publik.